Conselhos
O CEPETRO conta com dois conselhos: o Conselho Científico e o Conselho Consultivo, que são instâncias de apoio à diretoria, com assessoramento em questões técnicas e científicas, relacionadas a projetos, pesquisas e trabalhos realizados, bem como aprovar planos e programas científicos, além de supervisionar e orientar o planejamento geral das atividades do Centro.
Comissões
Além dos Conselhos, o CEPETRO conta com a Comissão de Segurança, Saúde e Meio Ambiente (SSMA), cuja missão é auxiliar a Diretoria nas questões relacionadas a saúde, segurança e bem estar de todos os colaboradores do Centro, além de atuar ativamente em questões relacionadas ao meio ambiente nas diversas atividades que o CEPETRO realiza.